En una máquina con LINUX, puedes utilizar “iconv” para hacer la conversión:
$ iconv -f ISO_8859-1 -t utf8 file_iso_8859_1.sql > file_utf_8.sql
“iconv” puede convertir ficheros de texto entre infinidad de formatos.
Se puede ver la lista de formatos soportados así:
$ iconv -l
Para más info pincha aqui.